水利部、廣西壯族自治區、廣東省，按照“政府主導、財政補貼、市場運作、流域與區域共贏”的原則，共同投資組建廣西大藤峽水利樞紐開發有限責任公司，負責大藤峽水利樞紐的建設與運行管理。

公司現由五家股東構成，分別為廣州華南水資源投資有限公司、廣西投資集團有限公司、廣西水利電業集團有限公司、廣東水電二局股份有限公司、廣東粵海資產經營有限公司，注冊所在地位于廣西南寧市�，F注冊資本40億元。